#InterSystems IRIS for Health

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InterSystems IRIS for Health™は、世界で最も重要なデータを管理する医療アプリケーションの迅速な開発を目的に特別に設計された世界初、かつ唯一のデータプラットフォームです。 トランザクションの処理と分析、拡張可能な医療データモデル、FHIRベースのソリューション開発、医療情報の相互運用性に関わる標準規格への対応など、すぐに使える強力な機能を搭載しています。 これらすべての機能により、開発者は価値を実現し、画期的なアプリケーションをすばやく構築することができます。 詳細はこちらをご覧ください

記事 Megumi Kakechi · 1月 14, 2025 2m read

これは InterSystems FAQ サイトの記事です。
 

09/04/24-14:37:47:260 (2575554) 2 [Utility.Event] ISCLOG: SuperServer Super Server job slave failure ns=%SYS rtn=%SYS.SERVER
09/04/24-14:37:47:260 (2575554) 2 [Utility.Event] SuperServer failed to start slave server

メッセージログ(cconsole.log/messages.log)の上記のようなログは、スーパーサーバ/SuperServer(既定:1972ポート)に対して外部からリクエストがあったが、リクエストに対応する子プロセスの起動に失敗した場合に記録されます。

スーパーサーバへの新規接続に対してスーパーサーバがJOBコマンド(タイムアウトあり)を実行したが、タイムアウト時間内にJOBコマンドが完了しなかったケースなどが考えられます。


通常こちらは 、システムの負荷が非常に高くJOBコマンドによる子プロセスの生成に時間を要してしまったような、OS レベルの問題である可能性が高いです。

運用に支障がないようであれば、そのような状況は一時的であったと考えられます。

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記事 Mihoko Iijima · 1月 13, 2025 1m read

これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

<ALARM>エラーは、クライアントアプリでタイムアウトが発生し、その結果InterSytemsサーバのプロセスがあわせて終了している状況をあらわしています。

クライアントアプリで、タイムアウト設定を無効にすることで回避できる可能性があります。

例えば、クライアントアプリから初回実行するSQL文がある場合、初回実行時のみInterSystems製品内部にクエリキャッシュ(=コンパイル済クエリ)を生成するため(※1)通常実行よりも時間がかかります(2回目以降の実行ではコンパイルは行われません)。

例えば、コンパイルに非常に時間がかかるSQL文の初回実行をクライアントアプリから命令し、タイムアウト以内に応答が戻らない場合 <ALARM> エラーが発生します。

※1:IRIS2020.1以降では埋め込みSQLで記述されたクエリも、初回実行時にコンパイルされます(2019.1以前では、埋め込みSQLを含むクラス/ルーチンがコンパイルされるタイミングでSQLもコンパイルされます)。

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記事 Mihoko Iijima · 1月 9, 2025 2m read

これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

InterSystems製品では、システム開始時に任意の処理を追加できます。

データベースミラーリングを構成していない環境では、%ZSTARTルーチンのSYSTEMラベルを作成することで任意の処理を実装できますが、データベースミラーリングを構成している環境では、このルーチンでは動作しない処理があります。

ご参考:^%ZSTART ルーチンと ^%ZSTOP ルーチンによる開始動作と停止動作のカスタマイズ

理由として、ミラーリング構成の場合、ミラーデータベースへのアクセスはミラーリングサービスが開始されプライマリメンバとなるまでReadOnlyとなります。

ミラーリングの開始処理は、%ZSTARTの処理とは別プロセスで実施している為、%ZSTARTの実行時にミラーデータベースへ書き込みアクセスができる状態とは限りません。

そのため、InterSystems製品開始時にミラーデータベースにアクセスするような任意処理を追加する場合は、ルーチン:ZMIRRORの NotifyBecomePrimary()を使用します。

ご参考:^ZMIRROR ルーチンの使用法

なお、ルーチン:ZMIRROR は、%ZSTART と同様に既定では存在しませんので%SYS上に新規で作成する必要があります。

例:ZMIRROR.mac

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記事 Tomoko Furuzono · 1月 7, 2025 1m read

これは、InterSystems FAQサイトの記事です。


質問:
データ容量を見積もる計算式はありますか?


回答:
正確に見積もるための計算式は残念ながらありません。

InterSystems IRIS Data Platformの場合、データ部に関してはデータを全て可変長で格納しますので、各フィールドの平均がどのくらいであるかという目安の数字で平均レコード長を求め、キー部分も同様の計算を行い、必要な容量の推測値を求める必要があります。

インデックス部に関してはキー圧縮されますので、データと同じような上記の計算を行った推測値よりは少なくなることが期待できます。 ただしその圧縮率はデータの特性に大きく影響されますので、どの程度少なくなるかは一概には言えません。

実データのサンプル(例えば、1万件のデータ)をロードし、その時点でのサイズを確認して想定される件数分のデータ容量を推測するというのが現実的な方法となります。

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記事 Megumi Kakechi · 1月 7, 2025 2m read

これは InterSystems FAQ サイトの記事です。
こちらの記事では、タスク履歴の結果内容に、「タスクは 10 Apr 20xx 12:00:00AM 19 Aug 20xx 12:00:00AM から継続中 に有効期限切れになりました」のようなログがある場合、その意味と対処方法について説明します。


このログは、実行予定のタスクをチェックした際に、時間が対象タスクの有効期限を過ぎてしまったために、表示しているログになります。
有効期限を指定していない場合(※)は、次回タスク予定時刻が有効期限になります。
※有効期限の設定は、^TASKMGRユーティリティから行うことができます。


例えば、毎分実行予定のタスクスケジュールがあった場合、実行タスクの実行時間が1分を超える場合、仮に130秒とする場合、1分後と2分後に予定していたタスクスケジュールは実行することができなかったことになります。
この場合、3分後のタスクスケジュール以降実行されることになり、実行されなかったタスクは、「タスクが次のスケジュール時刻を過ぎても実行を続けています」とログされ、次に正常に実行できたタスクの後に「タスクは YYYY-MM-DD hh:mm YYYY-MM-DD hh:mm から継続中 に有効期限切れになりました」のようにログされます(タスク履歴へ)。

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記事 Hiroshi Sato · 1月 6, 2025 1m read

日本でMacユーザーのIRIS使いがどの程度いるのかわかりませんが、圧倒的少数派なのは確かでしょう。

そのせいもあってか、Mac版のインストーラは、Windows版ほどきめ細かい対応をしてくれていません。

Windows版はインストーラが勝手に日本語のロケールを設定してくれているのですが、Mac版(おそらくLinux版も)は英語ロケールのままです。

それでも、通常の使用ではさほど問題がないといえないこともないのですが、ファイルを読んだりする場合や他にも何かと不都合があります。(何かあったような気がしますが、忘れました。)

ですので、Macユーザーは面倒ですが、管理ポータルで日本語ロケールjpuwのインストールをする必要があります。

またはターミナルでコマンド一発でもOKです。

Do##class(Config.NLS.Locales).Install("jpuw")

ちなみにこのロケールjpuwは説明を読むとUNIX用と書いていますが、WindowsでもファイルI/OなどのデフォルトエンコーディグをSJISではなくUTF8にしたい場合にも使えます。

昨今は、WindowsといえどもUTF8でファイル作成するケースが増えていますので、今更SJISいらないという人は、思い切ってこのロケールに切り替えるというのもありです。

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記事 Mihoko Iijima · 1月 6, 2025 2m read

これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

POST要求で受信したBodyのJSON文字列を、REST ディスパッチクラス内メソッドでダイナミックオブジェクト(%DyamicObject)に変換する際、以下エラーが発生する場合があります。

{
    "errors": [
        {
            "code": 5035,
            "domain": "%ObjectErrors",
            "error": "エラー #5035: 一般例外 名前 'Premature end of data' コード '12' データ ''",
            "id": "GeneralException",
            "params": [
                "Premature end of data",
                12,
                ""
            ]
        }
    ],
    "summary": "エラー #5035: 一般例外 名前 &#39;Premature end of data&#39; コード &#39;12&#39; データ &#39;&#39;"
}
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記事 Megumi Kakechi · 12月 26, 2024 1m read

これは InterSystems FAQ サイトの記事です。
 

ジャーナルファイルの中身を参照したい場合、通常は管理ポータルで参照します。

管理ポータル:
[システムオペレーション] > [ジャーナル] : (該当ジャーナルの名前)参照 リンクをクリック


こちらのページで、外部に保存したジャーナルファイルも参照することができることをご存じでしょうか?

以下のように、ID= の後ろにジャーナルのファイルパスを指定することで、ジャーナルファイルの中身を管理ポータルで参照することが可能です。

http://localhost/iris/csp/sys/op/UtilSysJournal.csp?$ID1=C:\temp\20240826.002z
 


ジャーナルファイルは、YYYYMMDD.001 の形式でも、YYYYMMDD.002z のような圧縮形式のどちらでも参照可能です。
(ジャーナル圧縮対応バージョン:2022.1 及び 2021.2~)

また、ミラージャーナルファイル(例:C:\temp\MIRROR-MIRRORSET-20240826.001z)も同様に参照可能です。

是非お試しください。


enlightened【ご参考】
ジャーナルファイルの内容を管理ポータル以外で参照する方法
 

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記事 Mihoko Iijima · 12月 26, 2024 2m read

これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

方法は2種類あります。

1) 同一サーバにIISとCachéがインストールされている環境をそのままアップグレードする場合は、IRIS(※)インストールキットを起動し「CACHE(CONVERSION)」からCSPゲートウェイとCaché両方をアップグレードします。

2) IISがIRISとは異なるサーバにインストールされている場合は、IRIS用Webゲートウェイキットを利用します。

(※)InterSystems IRISまたはIRIS for Health

それぞれの方法は以下の通りです。

1)同一サーバにIISとCachéがインストールされている環境の「CACHE(CONVERSION)」でのアップグレード方法

a) インストーラーを起動します。

b) CACHE(CONVERSION)を選択します。

c) 「このインスタンスのローカルIIS Webサーバを構成」選択し「次へ」のボタンをクリックします。

d) 「コンバート」ボタンをクリックします。(この後、IRISのライセンスキーの指定を行う必要があります。事前にiris.keyをご用意ください)

2) IRIS用Webゲートウェイキットを利用する方法

a) Webゲートウェイキットを起動します。

b) 「Complete」を選択し「Next」ボタンをクリックします。

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記事 Mihoko Iijima · 12月 24, 2024 3m read

これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

イベントログの削除には、Ens.Util.LogクラスのPurge()メソッドを使用します。実行時以下の引数を指定します。

第1引数:削除数(参照渡し)

第2引数:保持日数(デフォルト7)

メッセージの削除には、2種類の方法があります。

1) 2022.1.2以降の導入されたマルチプロセスで削除する方法

Ens.Ens.Util.MessagePurgeクラスのPurge()メソッドを使用します。実行時以下の引数を指定します。

第1引数:削除数(参照渡し)

第2引数:保持日数(デフォルト7)

第3引数:1を指定(Completeではないメッセージの削除を防止するための指定)

第4引数:メッセージボディも一緒に削除する場合は1を指定

第5引数:デフォルトは500(秒)が設定されていますが、大量のメッセージをパージするとクリアされたビットマップの最適化に時間を要して最適化が完了しない場合があるため、大量削除の場合は 10000000000など大きな値を指定します。

2) Ens.MessageHeaderクラスのPurge()メソッドを使用する方法。

実行時以下の引数を指定します。

第1引数:削除数(参照渡し)

第2引数:保持日数(デフォルト7)

第3引数:1を指定(Completeではないメッセージの削除を防止するための指定)

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記事 Akio Hashimoto · 12月 22, 2024 2m read

​ UDL形式でのインポート・エクスポートが出来ない古いCahceバージョンのソースを保守していたり、古くからのバージョン管理下においてXMLでのバージョン管理を行っている環境であったりと、未だにXMLでのエクスポート・インポートが必要になる場面はまれにあるかと思います。 今回、そういった環境下でもわざわざ管理ポータルを開かずとも、VSCodeでXML形式でエクスポートする拡張機能をリリースしましたので、共有させて頂きます。

機能について

編集画面、あるいは、VSCodeのエクスプローラータブ内からクラスを選択し、コンテキストメニューの「XML形式でエクスポート」を実行します。

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image

XMLファイルは所定の場所に保存されます。保存先は設定で指定が出来ます。

複数のクラスを選択した場合、初期値では1対1でXMLファイルが保存されます。

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設定を変更する事で、1つのXMLファイルとして保存する事も可能です。

image  

利用方法

  1. 拡張機能の検索窓から"ObjectScript To XML"を検索し、インストールします。

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  1. READMEに記載されているソースをダウンロードし、IRISへインポートします。

  2. ウェブ・アプリケーションを作成します。

  3. 必要な場合、拡張機能の設定値を変更します。

image   

"objectscript-to-xml": {
    "applicationName": "/exml-api",
    "exportDir": "exports",
    "bundled": false
}
  • applicationNameに作成したウェブ・アプリケーションの名前を指定します。

  • exportDirにはエクスポートしたXMLファイルの配置先を指定します。

  • bundledがtrueの場合は、1つのXMLファイルとしてエクスポートされます。既定値はfalseです。

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記事 Mihoko Iijima · 12月 18, 2024 2m read

開発者の皆さん、こんにちは。

試していたWebAPIでは、POST要求時クエリパラメータとボディの両方を送る必要がありましたので、HTTPアウトバウンドアダプタが提供するメソッド:Post()/PostFormDataArray()/PostURL() 辺りをドキュメントで確認していたのですが、残念ながら両方を渡せるように作成された丁度良いメソッドがありませんでした。

ドキュメント:HTTPアウトバウンドアダプタが提供するメソッド

では、どのように送ったかというと、SendFormDataArray()の第3引数を利用して両方の情報を送付してみました。

具体的には、SendFormDataArray()の第2引数にはHTTPメソッド(GET、POST、PUT、DELETEなど)第3引数に%Net.HttpRequestのインスタンスが渡せる仕様になっていましたので、クエリパラメータとボディを%Net.HttpRequestのインスタンスに設定し、第3引数に指定して実行する方法をとりました。

set status=..Adapter.SendFormDataArray(.pHttpResponse,"POST",httprequest)
  if$$$ISERR(status) {
    return status
  }

変数httprequestの中身は以下のように作成しています

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記事 Mihoko Iijima · 3月 13, 2023 3m read

これは InterSystems FAQ サイトの記事です。

永続クラス定義では、データを格納するグローバル変数名を初回クラスコンパイル時に決定しています。
グローバル変数名は、コンパイル後に表示されるストレージ定義(Storage)で確認できます。

例)

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記事 Hiroshi Sato · 12月 18, 2024 1m read

Caché技術ガイドのいくつかをIRIS版に書き換えた文書を作成しましたので公開します。

IRISファーストステップガイド
IRISBasicTechnologyGuide

- ObjectScript操作ガイド

- オブジェクト操作ガイド

- 多次元データエンジンの概念およびアーキテクチャー
IRIS SQLガイド

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記事 Megumi Kakechi · 12月 17, 2024 4m read

こちらの記事では、既存のユーザ設定をプログラムで変更する方法をご紹介します。

ユーザロールを追加/削除したい、有効期限設定を変更したい、等の場合にお役立てください。

なお、ユーザ設定をプログラムで新規作成する方法は こちら の記事で紹介しております。
 

1.ある特定ユーザの設定を参照+変更する方法

2.既存の全てのユーザの設定を参照する方法

3.おまけ(Webアプリケーション情報の参照+変更)


1.ある特定ユーザの設定を参照+変更する方法

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InterSystems公式 Seisuke Nakahashi · 12月 12, 2024

InterSystems IRIS® data platform、InterSystems IRIS® for Health、HealthShare® Health Connect 2025.1 の最初の開発者プレビューが WRC 開発者プレビューページ に公開されました。コンテナ版は InterSystems コンテナレジストリ から latest-preview のタグで取得いただけます。

この開発者プレビューには、IBM の Open XL C/C++ for AIX 17.x コンパイラへの移行機能が含まれています。これにより、古いコンパイラがサポート終了に近づいている中、将来の AIX ビルドとの互換性が確保されます。この移行では、AIX 7.2 と 7.3 で SSL3 をサポートする aixopenssl30 に焦点をあてています。

ドキュメントは以下のリンクからご覧いただけます。

キットについて

本リリースでは、すべてのサポート対象プラットフォーム向けに、従来のインストーラ形式をご提供します。サポート対象プラットフォーム一覧は こちらのドキュメント をご覧ください。

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InterSystems公式 Toshihiko Minamoto · 5月 24, 2023

Intersystems IRISおよびIRIS for Health 2025.1より、Zen レポートのメンテナンスが終了することをお知らせします。 これは、2018年のInterSystems IRIS発表時に非推奨となり、その後、2020年のInterSystems Reportsの搭載により、代替のレポート機能を提供したためです。 時系列の概要は以下の通りです。

2018年3月   InterSystems IRIS 2018.1導入  Zen Reportsの非推奨を発表、既存アプリケーションの継続性を確保するため出荷を継続

2020年4月     InterSystems IRIS 2020.1発表 InterSystems IRISおよびIRIS for Healthのユーザライセンス、Advanced ServerライセンスにIntersystems Reportsを組み入れる。

2023年5月      Zen レポートのメンテナンス終了のお知らせ

2024年の2H      Zen レポートがipmモジュールとして利用可能

2025 年 1 月 (InterSystems IRIS 2025.1) Zen Reports パッケージが InterSystems IRIS および IRIS for Health のキットから削除

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記事 Hiroshi Sato · 12月 9, 2024 1m read

REST/JSONを使ってデータを交換することが増えてきていると思いますが、POSTでIRISにデータを渡す場合に日本語が含まれる場合に皆さんどう処理していますか?

わざわざ自分でコード変換する処理を追加していませんか?

実は、あまり知られていないのですが、自動で変換する方法がありますので、紹介します。

CSPのメカニズムを使ってクライアントからデータをPOSTすると、それはCSPのRequestオブジェクトのContentプロパティに渡されます。

ContentプロパティのTypeは%CSP.Streamになっていて、このTypeのクラスリファレンスを読むと、Content-TypeがText/のときには、CharSetに基づいてコード変換が行われると示唆されています。

つまりContent-TypeがJSONの場合には、自動的な変換がされないということになります。

本当は、Content-TypeがJSONの時も変換してくれるのが一番良い(わかりやすい)のですが、残念ながらそうなっていません。

その代わりにパラメータが用意されています。

RESTのディスパッチクラスの定義に以下のパラメータを追加することで、自動コード変換を行なってくれます。

Parameter CONVERTINPUTSTREAM = 1;

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記事 Toshihiko Minamoto · 12月 4, 2024 5m read

前回の記事では、ICD-10 による診断のコーディングをサポートできるように開発された d[IA]gnosis アプリケーションを紹介しました。 この記事では、InterSystems IRIS for Health が、事前トレーニングされた言語モデル、そのストレージ、およびその後の生成されたすべてのベクトルの類似性の検索を通じて ICD-10 コードのリストからベクトルを生成するために必要なツールをどのように提供するかを見ていきます。

はじめに

AI モデルの開発に伴って登場した主な機能の 1 つは、RAG(検索拡張生成)という、コンテキストをモデルに組み込むことで LLM モデルの結果を向上させることができる機能です。 この例では、コンテキストは ICD-10 診断のセットによって提供されており、これらを使用するには、まずこれらをベクトル化する必要があります。

診断リストをベクトル化するにはどうすればよいでしょうか?

SentenceTransformers と Embedded Python

ベクトルを生成するために、トレーニング済みのモデルからの自由テキストのベクトル化を大幅に容易にする SentenceTransformers という Python ライブラリを使用しました。 そのウェブサイトでは以下のように説明されています。

Sentence Transformers(別名: SBERT)は、最先端のテキスト画像埋め込みモデルへのアクセス、使用、およびトレーニングに使用される一般的な Python モジュールです。 SentenceTransformer モデルを使って埋め込みを計算(クイックスタート)するか、Cross-Encoder モデルを使って類似性スコアを計算(クイックスタート)するために使用できます。 これにより、セマンティック検索セマンティックテキスト類似性パラフレーズマイニングなどの広範なアプリケーションが可能になります。

SentenceTransformers コミュニティが開発した全モデルの中で、786 の次元ベクトルを生成する BioLORD-2023-M というトレーニング済みモデルを見つけました。

このモデルは、臨床文章や生物医学的概念の意味のある表現を生成するための新しい事前トレーニング戦略である BioLORD を使用してトレーニングされました。

最先端の方法は、同じ概念を指す名前の表現の類似性を最大化し、対照学習を通じて崩壊を防ぐことによって機能します。 ただし、生物医学的名前は必ずしも自明ではないため、非意味的な表現になることがあります。

BioLORD は、定義を使用した概念表現と、生物医学オントロジーで構成されるマルチリレーショナルナレッジグラフから得られる短い説明を基礎にすることで、この問題を克服しています。 この基礎により、このモデルは、オントロジーの階層構造により密接に一致する、より意味論的な概念表現を生成します。 BioLORD-2023 は、臨床文章(MedSTS)と生物医学概念(EHR-Rel-B)の両方でテキスト類似性の新たな最先端を確立しています。

この定義でわかるように、このモデルは、ICD-10 コードと自由テキストの両方をベクトル化するときに役立つ医療概念で事前トレーニングされています。

このプロジェクトでは、このモデルをダウンロードして、ベクトルの作成を高速化します。

if not os.path.isdir('/shared/model/'):
    model = sentence_transformers.SentenceTransformer('FremyCompany/BioLORD-2023-M')            
    model.save('/shared/model/')

ダウンロードしたら、ベクトル化するテキストをリストに入力して、プロセスを高速化します。以前に ENCODER.Object.Codes クラスに記録した ICD-10 コードをベクトル化する方法を見てみましょう。

st = iris.sql.prepare("SELECT TOP 50 CodeId, Description FROM ENCODER_Object.Codes WHERE VectorDescription is null ORDER BY ID ASC ")
resultSet = st.execute()
df = resultSet.dataframe()

if (df.size > 0): model = sentence_transformers.SentenceTransformer("/shared/model/") embeddings = model.encode(df['description'].tolist(), normalize_embeddings=True)

df[<span class="hljs-string">'vectordescription'</span>] = embeddings.tolist()

stmt = iris.sql.prepare(<span class="hljs-string">"UPDATE ENCODER_Object.Codes SET VectorDescription = TO_VECTOR(?,DECIMAL) WHERE CodeId = ?"</span>)
<span class="hljs-keyword">for</span> index, row <span class="hljs-keyword">in</span> df.iterrows():
    rs = stmt.execute(str(row[<span class="hljs-string">'vectordescription'</span>]), row[<span class="hljs-string">'codeid'</span>])

else: flagLoop = False

ご覧のとおり、CSV ファイルから抽出した後に前のステップで登録した、まだベクトル化されていないコードを先に抽出し、次に、ベクトル化する記述のリストを抽出します。Python の sentence_transformers ライブラリを使用してモデルを復元し、関連する埋め込みを生成します。

最後に、UPDATE を実行して、ベクトル化された記述で ICD-10 コードを更新します。 ご覧のように、モデルが返した結果をベクトル化するコマンドは、IRIS における SQL コマンドの TO_VECTOR です。

IRIS で使用する

Python コードの準備ができたので、Ens.BusinessProcess を拡張するクラスにラップして、プロダクションに含めましょう。次に、CSV ファイルを取得するビジネスサービスに接続すれば、完成です!

プロダクションでこのコードがどのように見えるかを確認しましょう。

ご覧のように、EnsLib.File.InboundAdapter アダプターを備えたビジネス サービスにより、コードファイルを収集し、それをすべてのベクトル化とストレージ操作を実行するビジネスプロセスにリダイレクトできます。すると、以下のようなレコードセットが得られます。

これで、アプリケーションは、送信するテキストに一致する可能性のある項目を検索できるようになりました!

次回の記事では...

次回の記事では、Angular 17 で開発されたアプリケーションのフロントエンドが IRIS for Health のプロダクションとどのように統合されるか、および IRIS が分析するテキストをどのように受け取り、それらをベクトル化し、ICD-10 コードテーブルで類似性を検索するかを説明します。

お見逃しなく!

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記事 Hiroshi Sato · 12月 4, 2024 1m read

Embedded Pythonの導入に伴い、1つ嬉しいことは、直接エクセルファイルの読み書きができるようになったことです。

それでこの機能を使って、ミニ業務改革をちょこちょこ行なっているのですが、そこでちょっとハマったことを共有します。

実際この内容は実はIRISとは全く関係ないのですが、このDCコミュニティの皆さんが同じことでハマった場合に少しでも早く問題解決できるように情報共有します。

エクセルの計算式の入ったセルの値を読み取るときには、そのファイルのオープンの際にdata_only=Trueというフラグをつけないといけないのですが、そのファイルがopenpyxlで読み書きしたファイルの場合に、その計算式のセルの値(Noneとなる)がうまく読めないことがあります。

その場合には、そのファイルをエクセルで開いて再保存することで、正しく読むことができます。
以下にそのあたりの内容を説明したページがあります。

元ネタ

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InterSystems公式 Seisuke Nakahashi · 11月 28, 2024

インターシステムズは InterSystems IRIS data platform、InterSystems IRIS for Health、HealthShare Health Connect のバージョン 2024.3 をリリースしました。2024.3 は Continuous Delivery(CD)リリースです。

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記事 Toshihiko Minamoto · 11月 26, 2024 5m read

ベクトルデータ型と Vector Search 機能が IRIS に導入されたことにより、アプリケーションの開発に多数の可能性が開かれました。こういったアプリケーションの例として、バレンシア保健省が AI モデルを使用した ICD-10 コーディング支援ツールを要求した公募で出品されたアプリケーションが最近私の目に留まりました。

要求されたツールのようなアプリケーションをどのように実装できるでしょうか? 必要なものを確認しましょう。

  1. ICD-10 コードのリスト。自由テキスト内で診断を検索するための RAG アプリケーションのコンテキストとして使用します。
  2. ICD-10 コード内で相当するものを検索するためにテキストをベクトル化するトレーニング済みモデル。
  3. ICD-10 コードとテキストの取り込みとベクトル化を行うために必要な Python ライブラリ。
  4. 可能性のある診断を見つけるためのテキストを受け入れる使いやすいフロントエンド。
  5. フロントエンドから受信するリクエストのオーケストレーション。

これらのニーズに対応するために、IRIS は何を提供できるでしょうか?

  1. CSV インポート。RecordMapper 機能を使うか、Embedded Python を直接使用します。
  2. Embedded Python によって、選択されたモデルを使ってベクトルを生成するために必要な Python コードを実装できます。
  3. フロントエンドアプリケーションから呼び出される REST API の公開。
  4. IRIS 内で情報を追跡できる相互運用性プロダクション。

では、開発済みの例を確認しましょう。

d[IA]gnosis

この記事に関連して、開発済みのアプリケーションにアクセスできます。次の記事では、モデルの使用、ベクトルのストレージ、ベクトル検索の使用に至るまで、各機能をどのように実装するかを詳しく説明します。

アプリケーションを確認しましょう。

ICD-10 コードをインポートする

構成画面に、CSV ファイルのフォーマットはインポートしようとしている ICD-10 コードに準拠している必要があると表示されます。 読み取りとベクトル化のプロセスは多数のリソースを使用し、長時間かかるため、Docker コンテナーのデプロイによって、Docker が使用できる RAM メモリだけでなく、要件が割り当てられた RAM を超過する場合に備えてディスクメモリも構成されます。

# iris  iris:    init:true    container_name:iris    build:      context:.      dockerfile:iris/Dockerfile    ports:      -52774:52773      -51774:1972    volumes:    -./shared:/shared    environment:    -ISC_DATA_DIRECTORY=/shared/durable    command:--check-capsfalse--ISCAgentfalse    mem_limit:30G    memswap_limit:32G

ICD-10 コードを含むファイルは、プロジェクトパス /shared/cie10/icd10.csv にあります。100% に達すスト、アプリケーションを使用できます。

私たちのアプリケーションでは、診断コーディング用に 2 つの異なる機能を定義しました。1 つはシステムで受信した HL7 メッセージに基づいたもので、もう 1 つは自由テキストに基づいたものです。

HL7 による診断のキャプチャ

プロジェクトにはテスト用に準備された HL7 メッセージが含まれており、/shared/hl7/messagesa01_en.hl7 ファイルを /shared/HL7In フォルダにコピーすれば、関連付けられたプロダクションが診断を抽出してウェブアプリケーションに表示します。

診断リクエスト画面では、HL7 メッセージングで受信したすべての診断を確認できます。 これを ICD-10 にコーディングするには、虫眼鏡をクリックするだけで、受信した診断に最も近い ICD-10 コードのリストを表示することができます。

選択すると、リストに診断とそれに関連付けられた ICD-10 コードが表示されます。 封筒のアイコンが付いたボタンをクリックすると、元のメッセージと、診断セグメント内で選択した新しいメッセージによって、メッセージが生成されます。

MSH|^~\&|HIS|HULP|EMPI||||ADT^A08|592956|P|2.5.1
EVN|A01|
PID|||1556655212^^^SERMAS^SN~922210^^^HULP^PI||GARCÍA PÉREZ^JUAN^^^||20150403|M|||PASEO PEDRO ÁLVAREZ 1951 CENTRO^^LEGANÉS^MADRID^28379^SPAIN||555283055^PRN^^JUAN.GARCIA@YAHOO.COM|||||||||||||||||N|
PV1||N
DG1|1||O10.91^Unspecified pre-existing hypertension complicating pregnancy^CIE10-ES|Gestational hypertension||A||

このメッセージは /shared/HL7Out パスにあります。

自由テキストによる診断のキャプチャ

テキストアナライザーオプションでは、分析プロセスが実行される自由テキストを含めることができます。 アプリケーションは、見出し語化された 3 つの単語のタプルを検索します(冠詞、代名詞、およびその他の関連性の低い単語は削除されます)。 分析が完了すると、システムは関連する下線付きのテキストと、考えられる診断を表示します。

分析の実行が完了したら、その内容は分析履歴からいつでも参照できます。

分析履歴

実行されたすべての分析は記録され、いつでも参照でき、利用可能なすべての ICD-10 コードを表示できます。

次回の記事では...

Embedded Python を使用して、コンテキストとして使用する ICD-10 コードと自由テキストの両方のベクトル化に特定の LLM モデルを使用する方法を見ていきます。

ご質問やご提案がありましたら、ぜひこの記事のコメントでお知らせください。

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記事 Hiroshi Sato · 11月 18, 2024 1m read

これは、InterSystems FAQサイトの記事です。

これは、MS-ACCESSの制限事項です。

MS-ACCESSは、インデックスが32個より多いテーブルにはリンクできません。

この問題を回避する方法として、直接テーブル(クラス)をリンクするのではなく、VIEWを使用する方法があります。

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記事 Nobuyuki Hata · 11月 17, 2024 2m read

最近はパブリッククラウド環境でIRISを使ってアプリケーションを構築されるお客様が多数で、IRISのセキュリティ機能についてご質問を受ける機会が増えました。実際の運用で始めてセキュアなIRISを操作するよりも経験した方が良いかもと考え、その第一歩としてインストール時の初期セキュリティ設定には普段からロックダウンを指定するのはいかがでしょうか。通常セキュリティ設定の違いおよび注意点をマニュアルを参照しながらリストアップしました。

1. 初期のユーザセキュリティ設定

パスワードの最小文字数が8文字になります。またSQLのルートユーザとして作成される_SYSTEMユーザは運用開始前の無効化を推奨しているように、高いセキュリティレベルが必要な環境では不要あるいは一時的に同等の権限を付与したユーザを作成して対応可能ではないでしょうか。

2. サービスプロパティ

Use許可のPublicが不可、とはIRISにアクセスする手段を明示的に許可しないと使えないことを意図しています。予期せぬユーザーがODBCでアクセスしたり、管理コンソールを使用したりと言った事故を防ぐ有効な手段です。

また初期状態で有効化されているサービス、WebGatewayに加えてWindowsの場合Console、非WindowsではTerminalと必要最小限になっています。

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記事 Tomohiro Iwamoto · 11月 13, 2024 7m read

以前、Azure用にOAouth2クライアントをセットアップする記事を書いた時に思ったのですが、各IdPはサンプルコードとしてPythonコードや専用のモジュールを提供しているので、それがそのまま使用できれば効率が良いのにな、と思いました。

IRISが埋め込みPython機能としてWSGIをサポートしたことにより、これが簡単に実現しそうなので、その方法をご紹介したいと思います。

導入方法

今回は、IdPとしてOKTAを使用してAuthorization Codeフローを行います。

OKTAでの設定内容

参考までに、今回使用した環境を後半に記載しています。

アプリケーションの起動

コンテナ化してありますので、コンテナのビルド環境をお持ちの方は、下記を実行してください。

git clone https://github.com/IRISMeister/iris-okta-oidc-wsgi
cd iris-okta-oidc-wsgi

python/.env.templateをpython/.envという名前でコピーを作成して、OKTAで得られる設定値を指定してください。

AUTH0_CLIENT_ID="0oaxxxxxxx"  
AUTH0_CLIENT_SECRET="qUudxxxxxxxxxxx"
AUTH0_DOMAIN="dev-xxxxx.okta.com/oauth2/default"

AUTH0_CLIENT_ID,AUTH0_CLIENT_SECRETは後述の「アプリケーション追加」で使用する画面から取得できます。 AUTH0_DOMAINは、後述の「カスタムSCOPE追加」で使用する画面から取得できる発行者URIを設定します。

docker compose build
docker compose up -d

下記でIRISの管理ポータルにアクセスできます。

http://localhost:8882/csp/sys/%25CSP.Portal.Home.zen
ユーザ名:SuperUser, パスワード:SYS

WSGI環境での実行

まずは、純粋なWSGI環境での実行を行って、設定が正しくできているかを確認します。コードはこちらを使用しました。

元々はAuth0用ですが、ほぼそのままでOKTAでも使用できました

下記のコマンドでFlaskを起動します。

docker compose exec iris python3 /usr/irissys/mgr/python/run.py

ブラウザでメインページにアクセスしてください。

http://127.0.0.1:8889/ ではリダイレクトに失敗します。

「Login」をクリックするとOKTAのログイン画面が表示されます。OKTAサインアップ時に使用した多要素認証(スマホアプリ)を使用してログインしてください。

うまく動作した場合は、取得したトークンの情報等が表示されます。namespace: USERと表示されている通り、IRISへのアクセスも行っています。

Welcome Tomohiro Iwamoto!
Logout

{
    "access_token": "eyJraWQiOi.....",
    "expires_at": 1731482958,
    "expires_in": 3600,
    "id_token": "eyJraWQ......",
    "scope": "email user/*.* profile openid",
    "token_type": "Bearer",
    "userinfo": {
        "amr": [
            "mfa",
            "otp",
            "pwd"
        ],
        "at_hash": "3cRg3plSvDPqGUwEBzefoA",
        "aud": "xxxxx",
        "auth_time": 1731477799,
        "email": "iwamoto@intersystems.com",
        "exp": 1731482958,
        "iat": 1731479358,
        "idp": "xxxxxxxxxx",
        "iss": "https://dev-xxxxxx.okta.com/oauth2/default",
        "jti": "ID.Z0icZKkP61n3WDLgD08q3QxJ4Ags6_rwhrqFX3lAUjs",
        "name": "Tomohiro Iwamoto",
        "nonce": "DYrD0GKQPyXuT6Fni1So",
        "preferred_username": "iwamoto@intersystems.com",
        "sub": "xxxxxx",
        "ver": 1
    }
}
namespace: USER

「Logout」をクリックするとOKTAからのログアウトが実行され、最初のページにリダイレクトされます。

IRIS+WSGI環境での実行

ブラウザでIRIS+WSGI用のメインページにアクセスしてください。以降の操作は同じです。

同じFlask用のコードを使用していますので、全く同じ動作になります。

何が可能になったのか

これは「IRIS+WSGIで何が可能になるか?」という問いと同じですが、本トピックに限定すると、例えばbearer tokenであるアクセストークンを、cookie(flaskのsessionの仕組み)ではなく、IRISのDB上に保存する、他のCSP/RESTアプリケーションに渡す、という応用が考えられます。

元々、CSPやIRISのRESTで作成したアプリケーションがあって、そこにIdP発行のアクセストークンを渡したい、といった用法に向いているアプローチかと思います。

また、IRISでWSGIを実行することにより、gunicornのような運用レベルのWSGI用ウェブサーバを別途立てる必要がなくなります。

OKTAでの設定内容

今回使用した環境です。

こちらのトライアル環境を使用しました。若干画面が変わっていましたが、サインアップ手順はこちらを参考にしました。登録の際にはMFA(多要素認証)としてスマホが必要です。

ログインすると、次のようなメイン画面が表示されます。

以降、アプリケーション追加、カスタムSCOPE追加、認証ポリシー設定などを行っています。

アプリケーション追加

メニューのアプリケーション->アプリケーションで、flask-code-flowという名称でアプリケーションを追加します。

「一般」タブのクライアント資格情報のは下記のようになります。

一般設定は下記のようになります。

ログイン設定は下記のようになります。複数の登録がありますが、これは実行環境に合わせて各々オリジン(ブラウザで指定するURL)が異なるためです。

ログアウト設定は下記のようになります。複数の登録がある理由はログイン設定と同じです。

「サインオン」タブの設定は下記のようになります。サインオン方法としてOpenID Connectが指定されます。

「サインオン」タブの下のほうに「ユーザー認証」というセクションがありますので、そこのポリシーの詳細リンクを押して「認証ポリシー」画面に遷移します。

「認証ポリシー」では、ルールはそのままで、アプリケーションには追加したアプリケーションを「アプリを追加」で追加登録します。

「割り当て」タブのクライアント資格情報のは下記のようになります。

カスタムSCOPE追加

リソースサーバ用にカスタムのSCOPEを追加します。「セキュリティ」->「API」でdefaultを編集して、オーディエンスとして適当なURL(ここでは http://localhost/csp/healthshare/sc/fhir/r4 )を設定します。

defaultをクリックすると下記の画面に遷移します。

「スコープ」タブを選択し、「スコープを追加」を押してカスタムSCOPEを追加します。ここではuser/*.*というスコープを追加しました。

アクセスポリシー設定

アクセスポリシーを追加します。「セキュリティ」->「API」で認可サーバ:defaultを選択します。「アクセスポリシー」タブを選択し、default policyにアプリケーションを追加します。

「ルールを追加」を押して、新しいルールを追加します。以下のような設定にしました。

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お知らせ Mihoko Iijima · 11月 11, 2024

開発者の皆さん、こんにちは!

2回目の開催となったミートアップですが、11月8日(金)に無事、開催を終えることができました。ご参加いただきましたメンバーの皆様、ありがとうございました!

今年のミートアップでは、ワークショップを開催してみました。13時半~17時半の約4時間(!)もの間、ご持参いただいたパソコンでもくもくと進めていただいていたように思えます。

ミートアップのワークショップで使用した内容は、全て以下リポジトリに公開しております。

👉https://github.com/Intersystems-jp/meetup2024WorkShop

以下、写真を添えながら当日の様子を少しご紹介します。

第1部は、ワークショップを合計5種類用意いたしました。

Python入門」、「Embedded PythonでIRISデータにアクセスしよう」までは、全員一緒のタイミングで説明を聞いていただきながら、内容を確認するワークショップを行いました。

10分間の休憩を挟んだ後は、ご用意しました3種のワークショップ:「WSGI-Flask」「NiceGUI+SQL Alchemyを使ってアプリケーションをつくってみよう」「機械学習で手書き数字の識別に挑戦」のなかから好きな内容にチャレンジいただきました。

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お知らせ Ayumu Tanaka · 9月 16, 2024

※ 本内容は随時更新予定です。ワークショップに必要な内容をご覧いただき、参加のご検討などしていただければ幸いです。
Pythonワークショップにご参加いただく場合は、事前に以下の環境をご用意ください。

  • IRIS 2024.1.1 for Windows Community Edition (※ これからダウンロードされる方は、バージョンが異なりますので下記コメントをご確認ください)
    • キットダウンロードはこちらの記事をご覧ください。
    • インストールオプションはデフォルト (インストールタイプ: 開発、初期セキュリティ設定: 最小)
  • Visual Studio Code (任意のバージョン) と ObjectScript用エクステンション
    • エクステンションのインストール方法はこちらの記事をご覧ください。
  • 以下のPythonライブラリを irispip (<IRISインストールディレクトリ\bin\irispip.exe) でインストール
    • flask, nicegui, sqlalchemy-iris,  scikit-learn,  numpy, pandas
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記事 Hiroshi Sato · 10月 7, 2021 3m read

これは InterSystems FAQ サイトの記事です。
ジャーナルファイルのサイズが大きすぎて、管理ポータルで検索やフィルタリング等できない場合、以下の2つの方法で参照することができます。

① ^JRNDUMP ユーティリティを使用する方法
② プログラムで参照する方法

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① ^JRNDUMP ユーティリティを使用する方法 例えば、グローバル参照 ^ABC を含むジャーナルファイルのすべてのレコードを選択する場合は、以下のようになります。


※以下、すべてのコマンドは %SYS ネームスペースで実行してください。

DO SELECT^JRNDUMP("C:\MyCache\mgr\journal\YYYYMMDD.001","","","^ABC",1)

 

グローバル参照 ^ABC に完全に一致するレコードのみを選択する場合は、以下のようになります。 

DO SELECT^JRNDUMP("C:\MyCache\mgr\journal\YYYYMMDD.001","","","^ABC",0)

 

グローバル ^ABC に対するローカルの Set 処理のレコードのみを選択する場合は、以下のようになります。 

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お知らせ Mihoko Iijima · 10月 28, 2024

開発者の皆さん、こんにちは!

第2回 技術文書ライティングコンテスト に応募された作品のボーナスポイント獲得状況をお知らせします📣(順位発表は11月1日を予定しています)

記事 EmbeddedPythonに関連する記事(4点) 生成AIに関連する記事(4点) FHIRに関連する記事(3点) コードの記述が含まれる記事(2点) 動作するコードサンプルをGitリポジトリへ公開する(5点) 記事の内容に関連した画面キャプチャや図を貼る(1点) 合計点
FHIR Object Modelを使ったInteroperability開発     11
UnitTest(ユニットテスト)の自動化について考察        

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IRIS環境設定の自動化について~インストールマニフェストの利用~     12
Embedded Python を利用する時の注意点

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IRIS開発における生成AIの活用について       7
SourceControlを用いた自動ソースチェックツールについて       8
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